北京大学深圳医院急诊科创建于1999年，是医院最早成立的临床科室之一。科室构建覆盖全流程的急救功能布局，设置院前急救、急诊内科、急诊外科、急诊抢救室、急诊手术室、留观输液区、急诊病房、创伤病房、EICU等功能区组，打造“一站式”急诊急救综合大平台，形成集“院前急救、院内急诊、EICU重症监护”于一体的闭环急救体系，聚焦胸痛、卒中、创伤、中毒及各类危重症、疑难病的综合救治，全面开展急诊医学各项工作。
全科室面积达4700余平方米，硬件规模完善，配套设置抢救室床位26张、留观床位23张、急诊EICU病床8张，急诊病房36张、标准手术室1个、坐式输液单元43张、救护车8台。年急诊量20万余人次，年抢救病人1万余例，急救承载能力位居全市前列。
科室配备完善的现代化急救硬件，包括普通监护型救护车、负压救护车、无创和有创呼吸机、监护型除颤仪、心脏起搏器、心电图机、洗胃机、B超机、床边X线机、ECMO、床旁连续性血液净化设备、多功能监护仪、骨髓腔穿刺针、患者升温系统和输液泵等等全套高端生命支持设备。配套独立的急诊检验室、急诊B超室、急诊药房及标准化急诊手术室，实现检查、取药、手术快速处置。
以急诊为平台，科室设立“急性脑卒中、胸痛、创伤、危重孕产妇和新生儿及儿童”等红区快速反应绿色通道，打通急危重症抢救高速通道；业务覆盖急诊医学全部病种与急救操作，常态化开展高级生命支持、即时快速检测（POCT）、连续肾脏替代治疗（CRRT）、急诊超声、脉搏轮廓心排监测（PICCO）、支气管镜、体外膜肺氧合（ECMO）等重症急救技术，为危重患者提供快速、精准、连贯的一体化救治服务。同时还开设了儿科、妇产科、眼科、口腔科和耳鼻喉科等专科急诊，全方位承接全院各类急危重症抢救与诊疗工作。
急诊科是深圳市优势医学重点学科、深圳市急救培训基地、国家住院医师规范化培训急诊科专业基地，长期承担城市突发公共事件、重大灾害紧急医学救援等任务。除临床外，急诊科在科研教学方面也发挥着积极的作用，围绕心肺复苏、重症肺炎、中毒、创伤及动物致伤防治等方向开展系列临床与基础研究，产出多项学术成果。
急诊科实在坚持以临床诊疗为核心，以急危重症救治为特色，视医疗质量与患者安全为生命，持续搭建结构完善、应急处置能力突出的专业化急诊人才梯队，全力建设高水平学科。